Nastavení samo o sobě nestačí. Upravit/přepsat lokálně /usr/lib/knot-resolver/kres_modules/dns64.lua naštěstí není těžké, jen to každý update přemaže, takže to určitě nebude uspokojivé (pokud se to nedostane do skutečného releasu).
Soubor/úprava by mohla vypadat třeba takto (popsáno v commit message): master...dns64-force · Knot projects / Knot Resolver · GitLab